TigrAssembler是用于将大批量的霰弹DNA片断组装成一致性序列的工具,它是由TIGR(TheInstituteofGenomeResearch)中心研发而成,已成功组装了HaemophilusinfluenzaeandMycoplasmagenitalium等全基因组序列。TigrAssembler工作步骤如下:(1)对所有的数据进行快速初步...[继续阅读]

    StadenPackage是一个用于测序项目管理的整合软件包,它包括了组装、突变检测、序列分析、序列峰图及对reads文件操纵等功能。软件包中的gap4是序列组装的程序,这个程序包括了所有组装所含有的工具,同时又具有许多自己的特点和友好...[继续阅读]

    通过以上的介绍,我们知道各种不同的组装软件都有自己的特点,读者可以根据自己的条件来做出相应的选择。一般可以先选用几个软件分析,再对结果进行比较和检查,另外,也可以通过注释结果来进行检查。表4.1列出了所介绍软件的比...[继续阅读]

    4.3.1.1错拼错拼指的是本不该拼接在一起的EST拼接到了一起。造成错拼的原因主要有:(1)3′端EST序列的polyA的尾巴存在,使本不相关的EST序列拼接在一起;(2)镶嵌克隆read的存在,连接了两条(或多条)本不相关的EST;(3)基因家族中序列相似性...[继续阅读]

    对于上述EST聚类所出现的问题,一般可以通过以下几种方法来进行检查和处理:(1)调整拼接参数,如对于错拼中的polyA的情况,可以将比对参数调得更加严格一些,从而区分开这些polyA的连接;而对于EST末端质量较低而造成的漏拼,则需要将参...[继续阅读]

    1.AdamsMD,KerlavageAR,FleischmannRDetal.Initialassessmentofhumangenediversityandexpressionpatternsbasedupon83millionnucleotidesofcDNAsequence.Nature,1995,377(6547Suppl):173～1742.HuangX,MadanA.CAP3:ADNAsequenceassemblyprogram.GenomeRes,1999,9(9):868～8773.P...[继续阅读]

    对随机挑选的cDNA文库克隆进行一次性末端测序,得到的EST数据经过聚类和拼接形成了惟一序列(uniquesequences),它们包括重叠群(contigs)和单一序列(singlets)。根据同源序列可能具有相似功能,对这些未知的惟一序列进行分析,推测它们代表的...[继续阅读]

    BLAST家族包含的成员很多,提供各种不同需要的比对分析。这里主要介绍该家族中最重要也是最常用的五个成员blastx、blastn、blastp、tblastn、tblastx,可以进行核苷酸和氨基酸序列任意组合的查询。blastx:核苷酸序列到蛋白质数据库中搜索...[继续阅读]

    网上运行blastx接受两种数据提交方式,一是序列方式,直接拷贝粘贴纯序列或者是FASTA格式的序列,二是直接填入NCBI的GI号或者AC号。这里采用上一章的拼接结果序列Contig17为例介绍运行步骤。首先访问NCBI的BLAST主界面,点击blastx,进入序列...[继续阅读]

    blastx搜索结果中阈值较低的或者没能找到同源蛋白序列的惟一序列,可以进一步利用blastn比较核苷酸序列和核苷酸数据库,在核苷酸水平上搜索同源的序列。blastn的步骤与blastx的步骤基本一致,参数选择也基本类似,不同之处是前者搜索...[继续阅读]