1.基因组及基因组重测序基因组是一个细胞或者生物体所携带的一套完整的单倍体序列,包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA 分子。核基因组是单倍体细胞核内的全部DNA 分子,线粒体基因组是一个线粒体所包含的全部DNA 分子,叶绿...[继续阅读]

    1.ChIP-Seq研究蛋白质与DNA 互作的主要技术是染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation,ChIP),也称结合位点分析法。该技术通常用于转录因子结合位点或者组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP 与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq 技术...[继续阅读]

    1.MeDIP-Seq MeDIP-Seq(methylated DNA immunoprecipitation sequencing),即甲基化DNA 免疫共沉淀测序,是基于免疫富集原理进行的全基因组DNA 甲基化研究方法,它是通过5′-甲基胞嘧啶(5mC)抗体将基因组中的DNA 甲基化区域富集后进行二代高通量测序,从而...[继续阅读]

    1.蛋白质序列测定测定蛋白质序列,常用的是蛋白质谱技术。简单来说,蛋白质谱技术就是一种将质谱仪用于研究蛋白质的技术。目前,它的基本原理是蛋白质经过蛋白酶的酶切消化后形成肽段混合物,在质谱仪中肽段混合物电离形成带...[继续阅读]

    在蛋白质结构数据中,接近90%的蛋白质结构是用X 射线晶体衍射学的方法测定的。大约9%的已知蛋白质结构是通过核磁共振技术来测定的。1.X 射线晶体衍射X 射线晶体衍射可以利用电子对X 射线的散射作用,获得晶体中电子密度的分布情...[继续阅读]

    1.生物信息的类型有哪些?2.第二代测序有哪些主流的测序技术? 简述这些测序技术的原理。3.第二代测序技术相比于第一代Sanger 测序技术有何不同?4.第三代测序技术有哪些?5.什么是基因组重测序、转录组测序和小RNA 测序?6.检测蛋白质...[继续阅读]

    表1-2.1　分子生物信息数据库总表分子生物信息数据库是生命科学数据信息库的集合,种类繁多(表1-2.1),主要有基因组、核酸和蛋白质三类一级数据库,生物大分子三维空间结构数据库,以及以上述三类一级数据库和文献为基础的二级数...[继续阅读]

    所谓格式是对信息描述的统一规范,规范的格式为数据的收集、整理、交流和应用提供了方便。分子生物信息数据库的格式很多,较为常见的包括FASTA、FASTQ、GBFF、GFF 格式,下面主要对这几种格式进行介绍。FASTA 格式主要分两部分(图...[继续阅读]

    1.数据库的冗余在进行DNA 和蛋白质序列分析时,碰到的一个棘手问题是数据库的冗余(redundancy)。DNA 和蛋白质数据库中的很多记录是属于同一基因和蛋白质家族,或在不同生物体上发现的同源基因。不同的研究机构可能向数据库递交了...[继续阅读]

    DNA/RNA 序列构成了一级数据库的主体部分。目前,国际上有三个主要核苷酸序列公共数据库(表1-2.4):位于英国剑桥的欧洲分子生物学实验室(EMBL)下的欧洲核苷酸档案库(European Nucleotide Archive,ENA);位于美国国家卫生研究院(NIH)的美国国家生...[继续阅读]