近20年来,分子生物学发展的一个显著特点是生物信息的剧烈膨胀,且迅速形成了巨量的生物信息库。这里所指的生物信息包括多种数据类型,如分子序列数据(核酸和蛋白质)、蛋白质二级结构和三维结构数据等(详见第1-1章)。由测序仪...[继续阅读]

    生物信息学学科是在生物信息急剧膨胀的压力下诞生的。生物信息学的诞生和发展最早可以追溯到20世纪60年代,而“生物信息学(Bioinformatics)”一词的出现则是在1990年(详见下节)。一般意义上,生物信息学是研究生物信息的采集、处理...[继续阅读]

    生物信息学的诞生和发展最早可以追溯到20世纪60年代,两届诺贝尔奖得主鲍林(L.C.Pauling)分子进化理论的出现(利用蛋白质序列进行进化分析),已预示着生物信息学的来临。1956年在美国召开首次生物学中的信息理论研讨会,有学者将其作...[继续阅读]

    虽然是一门年轻学科,但生物信息学对整个生物学发展产生了巨大推动作用。Nature总结了生物学领域引用率最高的100篇论文,生物信息学(包括系统进化方面)共有10篇入选,其中1篇甚至进入前十(表0-1.3)。表0-1.3　生物学学科历史上引用率...[继续阅读]

    蛋白质、DNA 和RNA 序列的计算分析在不断发生着变化。生物学实验新技术,如测序技术使实验数据急剧增长,当基因组测序计划持续开展,生物信息学研究重点已逐步从数据的积累转向数据的解释。用于基因组拼接、序列相似性搜索、...[继续阅读]

    本书定位为生物信息学专业学生的入门教材和非生物信息学专业学生及科研工作者的基本教材。因此,本书的阅读对象建议为本科生、研究生阶段学生和从事生物学及相关专业领域(如医学、农学等)研究与开发工作者。本书共分为四...[继续阅读]

    1.核苷酸序列数据常见的核苷酸序列数据由脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)数据组成。DNA 的组成单位为四种脱氧核糖核苷酸,分别为腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C)。而RNA 的组成单位为四种核糖核苷酸,分别为腺嘌呤...[继续阅读]

    1.双脱氧链终止法(Sanger 法)第一代DNA 测序技术主要为1977年由桑格(Sanger) 等提出的双脱氧链终止法(dideoxy sequencing technique),也称为Sanger 法。Sanger 法的核心原理是:双脱氧核糖核苷酸(ddNTP)的2′和3′位置都不含羟基(图1-1.1右),因此ddNTP 在...[继续阅读]

    随着研究的不断深入,第一代测序技术由于其成本高、通量低等缺点,越来越满足不了日益发展的生物研究需求,并且难以实现大规模的应用。经过不断的技术研发和改善,同时具备成本低、通量高、速度快等特点的第二代测序技术应运...[继续阅读]

    第二代测序技术具有通量大、时间短、精确度高和信息量丰富等优点,但是仍不能满足日益深入的研究工作,因此第三代测序技术应运而生。第三代测序(third generation sequencing,TGS)是基于单个分子信号检测的DNA 测序,也被称为单分子测序...[继续阅读]