默认概要(Summary)方式显示(见图2.4),包含作者、文章标题、发表的期刊号及数据库记录号。摘要格式(Abstract)显示内容:文献题目、作者、第一作者单位(地址)、期刊来源(期刊名缩写、出版日期、卷、页数)、PMID号、出版类型,非英语文章...[继续阅读]
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GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)建立和维护的,它包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列,相关文献著作及生物学诠释。其数据来源于测序工作者直接提交和测序中心提交,以及与欧洲分子生物...[继续阅读]
EMBL由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护,它与GeneBank和DDBJ数据共享。该数据库由Oracle数据库系统管理维护,可以通过因特网上的序列提取系统(SRS)查询检索,可用基于Web的WEBIN工具或Sequin软件提交序列。EMBL网址:http://www.ebi.ac.uk/embl/SRS网址...[继续阅读]
该数据库与GenBank和EMBL核酸库合作交换数据。用户使用其主页上提供的SRS工具进行数据检索和序列分析,或通过Sequin软件提交序列。DDBJ网址:http://www.ddbj.nig.ac.jp/练习:(1)NCBI迄今已收集多少条水稻EST序列?(2)利用NCBIEntrez及SRS分别搜索ki...[继续阅读]
GDB为人类基因组计划(HGP)保存和处理基因组图谱数据,其目标是构建关于人类基因组的百科全书。GDB人类基因组区域包括基因、克隆、PCR扩增标记、断点、细胞遗传标记、易碎位点、EST序列、综合区域、重叠克隆群及重复序列;人类基...[继续阅读]
EntrezGenome网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=GenomeTIGRdatabases网址:http://www.tigr.org/tdb/GenBankFTPServerftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/genomes/...[继续阅读]
介绍氨基酸序列数据库GenBank,SWISS-PROT使用方法。掌握如何查询并获取特定氨基酸的序列。相关网址:GenBankProteinhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=ProteinSWISS-PROTatExPASy(无冗余蛋白序列数据库)http://us.expasy.org/sprot/自然界真实存在的蛋...[继续阅读]
介绍蛋白质结构数据库PDB使用方法。掌握如何查询并获取特定蛋白的结构数据。相关网址:PDBhttp://www.pdb.org/用X衍射及核磁共振方法确认的蛋白质三维结构数据集。OWL(复合蛋白序列数据库)http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/OWL/PROSITE(Motif数...[继续阅读]