1.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/2.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/3.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt/4.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html5.http://www.nlm.nih.gov/bsd/PubMed_tutorial/m1001.html6.http://www.embl-heidelberg....[继续阅读]

    Blast是NCBI(theNationalCenterforBiotechnologyInformation)的一项在线服务,在NCBI(网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/)的主页进行BLAST(图3.1),直接在网上向服务器提交一段核苷酸或蛋白质序列与NCBI的数据库作比较,接着一个匹配的结果将反馈给用户。...[继续阅读]

    Blast家族共有5个程序,可以进行核酸和氨基酸序列任意组合的查询,并在DNA或蛋白质库中对所有DNA或蛋白质化合物序列进行搜索。表3.1Blast家族程序名搜索序列资料库内容备注blastpProteinprotein比较氨基酸序列和蛋白质数据库使用取代矩...[继续阅读]

    表3.2缩氨酸(肽)序列数据库数据库名描述nrAllnon-redundantGenBankCDStranslations+PDB+SwissProt+PIR+PRFmonthAllneworrevisedGenBankCDStranslation+PDB+SwissProt+PIR+PRFreleasedinthelast30days.Swiss-ProtLastmajorreleaseoftheSWISS-PROTproteinsequencedatabase(noupdates)Drosophila...[继续阅读]

    数据准备Blast实习的原始数据来自phrap的拼接结果:>lesson.seq.screen.Contigl>lesson.seq.screen.Contig2>lesson.seq.screen.Contig3>lesson.seq.screen.Contig4运行blastBlast输入界面(图3.2):图3.2Blast输入界面(1)在Search一栏中输入待搜索的序列,在Choosedatab...[继续阅读]

    Sim4是通过DNA序列的联配,找出目标序列的基因序列。它以相似性为基础,将表达DNA序列(EST,cDNA,mRNA)和基因序列联配,由此得出表达DNA序列基因。Blast只是在数据库中搜索与输入具有相似性的序列。而Sim4则更注重寻找基因。分别提交seq...[继续阅读]

    数据准备当前目录下有两个文件供Sim4分析:(1)lesson.seq.screen.Contig2:来自phrap拼接产生的contig序列。(2)gi|12804398|gb|BC001601.1|BC001601:是在在网上对lesson.seq.screen.Contig2分析时感兴趣的基因组序列。运行Sim4在cdnasequence对话框中输入lesson.seq.s...[继续阅读]

    1.郝柏林,张淑誉.生物信息学手册.上海:上海科学技术出版社,20002.钟扬,张亮,赵琼.简明生物信息学.北京:高等教育出版社,20013.AndreasD,BaxevanisBF,FrancisOuellette著.李衍达,孙之荣等译.生物信息学—基因和蛋白质分析的实用指南.北京:清华大...[继续阅读]

    由JulieThompson(Thompson@EMBL-Heidelberg.DE)、TobyGibson(Gibson@EMBL-Heidelberg.DE)和Higgins(Higgins@ucc.ie)编写的ClustalW最新版本1.8(可以从ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software下载)是DNA和蛋白质进行多序列联配的程序,同时可作为生成亲缘树的工具。该ftp站点的DOS文...[继续阅读]

    首先,对于输入的每一条序列,通过快速近似的WilburandLipman算法进行两两之间联配,共计n*(n-1)/2次,计算得分构造指导树(或叫做系统树图),指导多序列联配的过程。指导树是通过Sneath和Sokal(1973)用的UPGMA方法计算的。在指导树绘制完以后...[继续阅读]