ClustalW输入文件的格式对于ClustalW1.8版,要求输入的文件格式为七种格式之一,分别是:FASTA,NBRF,EMBL/SWISS,GDEprotein,GDEnucleotide,CLUSTAL或GCG/MSF。ClustalW对输入的多个序列必须要求在一个文件里,对于大量的数据可以在UNIX操作系统下用catfilel.s...[继续阅读]

    先打开ClustalW.exe文件,进入下面的命令行格式(如图4.1)。选项1是要输入一个多序列的文件,选项2是对内存中已有的多序列文件联配,选项3是对已有的一个多序列联配的结果和另外一个多序列联配结果或者序列文件进行联配,选项4是对多...[继续阅读]

    1.DavidWM.Bioinformatics—sequenceandGenomeAnalysis.NewYork:ColdSpringHarborLaboratoryPress,20012.http://www.no.embnet.org/Programs/EAL/clustalw/index.php33.http://newfish.mbl.edu/Course/Software/FileFormats/4.http://www.es.embnet.org/cgi-bin/clustal.cgi5....[继续阅读]

    1.Phred简介phred采用快速傅利叶变换(fastFouriertransform)分析技术,从DNA测序所得到的图形数据中提取DNA碱基排列顺序信息(即Base-Calling)。Phred对序列中的每个数据产生一个被广泛接受的带有质量控制标准(qualityscores)的“BaseCall”。Phred质量...[继续阅读]

    1.Phd2fasta简介·phd2fasta从phd文件中读取序列及质量值·phd2fasta命令及操作:phd2fasta-id<dir_name>-os<output-seq>-oq<output_seq_qual>参数设置-id<dir_name>:读取并处理由<dir_name>指定的目录中的所有文件-os<output_seq>:为输出序列...[继续阅读]

    1.Cross_match简介这是一个载体标记软件,利用Swat算法(Smith-Watermanalgorithm)实现序列的比较,通过序列文件与载体序列库比对寻找载体序列(如pUC18),将其屏蔽,不参与拼接,从而提高拼接的质量。Cross_match及其相关文档可从以下网站下载:http...[继续阅读]

    这也是一个基于Swat算法实现序列比较的软件。Phrap是目前比较成功的拼接软件,有较高的精确度,它通过寻找序列间的重叠(overlap)部分,将高质量嵌合匹配的片段拼接成contig序列,最后生成完整的DNA序列。该程序能够提供与拼接相关的其...[继续阅读]

    数据准备在edit_dir目录下有两个文件:lesson.seq.screen是序列文件,共有23条序列;lesson.seq.screen.qual是序列质量文件,共有23条序列的质量。运行phrap在当前目录下输入:phraplesson.seq.screen-view-new_ace>phrap.out运行结果新生成的结果文件lesson.se...[继续阅读]

    Consed是图形化软件,可用于进一步分析phrap拼接的结果,检查phrap拼接中的错误,从而提高拼接结果的质量。Consed中的autofinish也可用于引物设计。Consed程序的详情介绍“CONSED12.0DOCUMENTATION”可从下面网站上获取:http://www.phrap.org/consed/dist...[继续阅读]

    数据准备Consed实习数据来自phrap的拼接结果。首先要在用户目录下建立3个目录edit_dir、phd_dir、chromat_dir。其中edit_dir目录包括phrap拼接产生的:lesson.seq.screen.contigslesson.seq.screen.contigs.quallesson.seq.screen.singletslesson.seq.screen.ace以及原来的序...[继续阅读]